Органами управления Палаты экологических аудиторов являются:
- высший орган — Общее собрание членов Палаты экологических аудиторов (Общее собрание);
- исполнительный орган управления — Президент Палаты экологических аудиторов;
- контрольный орган управления – Ревизионная комиссия Палаты экологических аудиторов;
- коллегиальный орган управления — Совет Палаты экологических аудиторов.