Сотрудничество с государственными органами в рамках защиты прав и представления законных интересов экологических аудиторов и экологических аудиторских организаций является одним из основных видов деятельности Палаты экологических аудиторов.
Основной государственный орган, сотрудничество с которым имеет принципиальную важность для деятельности экологических аудиторов и экологических аудиторских организаций, это Министерство экологии и природных ресурсов Республики Казахстан (МЭПР РК). В рамках сотрудничества с МЭПР РК предусмотрено развитие двухсторонних контактов по развитию экологической аудиторской деятельности, расширению области осуществления экологического аудита и общему росту экологической составляющей предпринимательской деятельности. Реализация указанных целей может достигаться как за счет программ взаимодействия государственных органов и некоммерческих организаций, так и за счет привлечения других заинтересованных лиц и уполномоченных органов для разрешения всех возможных проблемных ситуаций.